L’œsophagite liée au RGO et les lésions laryngées liées au RPL ont une origine physiopathologique différente : de même, leur traitement n’est pas identique. Un reflux pharyngolaryngé requiert un traitement plus agressif et plus prolongé qu’un reflux gastro-œsophagien typique. La prise en charge du RPL, souvent difficile, reste peu satisfaisante ; les médicaments doivent être administrés pendant des semaines avant que les signes cliniques ne s’améliorent. Les symptômes les plus significatifs disparaissent en 2 à 3 mois et le traitement peut se prolonger 4 voire parfois 6 mois.