Tout comme le RGO, le RPL a pour origine une agression muqueuse par une « remontée » d’origine gastrique, mais l’attaque concerne ici la muqueuse laryngée et pharyngée. Chez l’animal, l’effet irritant d’une remontée gastrique (acide : sucs gastriques ; plus rarement basique, si un reflux partant de l’estomac se conjugue à un reflux duodéno-gastrique : bile, pepsine ; parfois mixte : acide + basique) sur la muqueuse laryngée est avéré, ainsi que son implication dans le laryngospasme et l’apnée centrale réflexe.