Une conjonctivite ne doit pas être confondue avec d’autres pathologies oculaires susceptibles d’entraîner également une hyperhémie conjonctivale et d’évolution plus sévère :

- La kératite est une atteinte de la cornée se traduisant par une diminution de l’acuité visuelle, une douleur oculaire à la lumière d’où photophobie, des douleurs parfois sévères. Elle doit impérativement être traitée rapidement car elle met en danger la vision ;