La conjonctivite bactérienne peut être causée par différents germes (Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae ou Streptococcus viridans, Hemophilus influenzae, Moraxella catarrhalis, germes entériques gram négatif, gonocoque chez le nourrisson, Pseudomonas aeruginosa chez le porteur de lentilles de contact mal entretenues ou le patient immunodéprimé). Comme la précédente, elle est contagieuse : éviter tout contact avec les sécrétions lacrymales du patient et éviter de partager ses mouchoirs ou ses serviettes et se laver les mains après contact.