Dans de très nombreux cas, le seul traitement efficace consiste en l’éviction de la substance considérée. À l’inverse des allergies alimentaires, il suffit néanmoins parfois de limiter les quantités absorbées dans l’alimentation pour minimiser voire supprimer les symptômes.
Un point très important est de ne pas imposer (ou de s’auto-imposer) des mesures d’éviction contraignantes si le diagnostic n’a pas été établi de manière formelle.

De ce fait, il est éventuellement recommandé de procéder à des tests de réintroduction sous surveillance hospitalière.