Certains symptômes de l’intolérance alimentaire sont proches sinon identiques à ceux de l’allergie alimentaire. Un point important qui les différencie est représenté par la quantité de produit nécessaire au déclenchement des symptômes : très faible dans le cas de l’allergie, en général relativement important dans le cas de l’intolérance alimentaire.

Le diagnostic de la maladie cœliaque est posé grâce à une combinaison d’arguments :