L’immunosuppression est principalement recherchée dans deux grands types d’indications : la transplantation d’organe et les maladies auto-immunes.

Les maladies auto-immunes (polyarthrite rhumatoïde, maladie de Crohn, rectocolite hémorragique, psoriasis, rhumatismes psoriasis, spondylarthrite ankylosante…) sont causées par la reconnaissance par le système immunitaire d’une protéine endogène comme étant étrangère. Cela entraîne une destruction des cellules exprimant cette protéine avec souvent pour conséquence des lésions tissulaires et des troubles fonctionnels.