Le microbiote est une composante essentielle d'un état digestif stable. Il est en interaction avec d'autres systèmes eux-mêmes très complexes. Une fonction essentielle du microbiote digestif est son effet barrière qui prévient l'invasion des agents pathogènes. À l'état stable, l'équilibre des différentes populations permet le maintien de cet effet protecteur. Un excès de bactéries pathogènes ou un manque de micro-organismes bénéfiques est un facteur de risque de survenue d'anomalies physiopathologiques dont l'obésité ou le diabète. L'intestin et le cerveau sont étroitement connectés.