La fiabilité des applications santé est remise en cause, les deux tiers n'ayant pas fait l'objet d'une étude clinique, comme l'a révélé une étude sur 68 applications françaises, publiée dans « The Journal of Medical Internet Research » (JMIR). Seulement 21 % des applications ont été analysées de manière randomisée.
De quoi susciter la méfiance des professionnels de santé qui mettent en garde contre une éventuelle mise en danger du patient lorsque ces applis ne fonctionnent pas ou émettent des données erronées. Par ailleurs, la plupart de ces applications, essentiellement gratuites, ne garantissent pas contre une fuite des données de santé.
Pour autant, bien que peu nombreuses, des applications sont validées scientifiquement dans le suivi des pathologies cardiaques ou chroniques comme le diabète. Prescrites et prises en charge par l'assurance-maladie, elles devraient gagner en visibilité prochainement avec la mise en place d'une plateforme de téléchargement dédiée sur l'espace numérique de santé.
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