L'intestin est une des premières lignes de défenses contre les agents pathogènes tels que les virus et les bactéries. Il abrite une population de cellules immunitaires parmi les plus importante. Le microbiote participe à l'immunité non spécifique par modulation des macrophages et des cellules NK (natural killer) ou par stimulation de la sécrétion de certains marqueurs immunologiques dont les cytokines.