L'alimentation et plus généralement le mode de vie sont les premières causes d'une dysbiose. En première intention, le conseil doit permettre de rappeler les recommandations pour une alimentation saine. La consommation régulière de fruits et légumes permet d'apporter les nutriments indispensables au fonctionnement de l'organisme. Les aliments fermentés de type yaourt, laits fermentés, kéfir, fromages ou encore choucroute sont riches en probiotiques, et leur consommation est bénéfique pour le microbiote intestinal.