Autre phénomène en faveur de la pertinence d'un apport en probiotiques, la perméabilité intestinale correspond à une altération de la fonction barrière. La conséquence est une plus grande vulnérabilité face aux agents externes, tels que les rotavirus responsables de la gastro-entérite ou les rhinovirus et adénovirus responsables des rhumes et rhinopharyngites. La perméabilité intestinale met en cause les médicaments qui perturbent le microbiote et irritent la muqueuse intestinale, un régime alimentaire trop riche en sucre ou des pathologies inflammatoires intestinales.