Le médecin s’attachera à faire la différence entre une « simple » conjonctivite et d’autres pathologies susceptibles d’être graves et d’altérer la vision. C’est notamment le cas des kératites (infections de la cornée) et des uvéites (infections de l’uvée : zone vasculaire de l’œil comprenant la choroïde, le corps ciliaire et l’iris).

On ne saurait trop se méfier de l’herpès oculaire : l’herpès doit être évoqué s’il existe une adénopathie, des ulcérations conjonctivales ou une atteinte cornéenne. Il pourrait être la cause de 20 % des conjonctivites aiguës.