Le microbiome, face cachée de l’état de santé

GRÂCE à la technique de séquençage de l’ADN, il est possible de récupérer l’ADN bactérien directement dans son écosystème, sans isolement et sans mise en culture. Ce progrès donne accès à l’intégralité du microbiome dominant et permet d’identifier l’information génétique qu’il porte. L’intérêt de cette méthode est d’abord taxonomique, permettant une classification des germes rencontrés : plus de dix millions de gènes ont été répertoriés, chaque individu portant en moyenne 600 000 de ces gènes (25 fois plus de gènes que le génome humain). La détermination des profils métagénomiques de centaines d’individus montre qu’il existe un pool de gènes commun aux individus sains d’une même population, mais avec des spécificités propres à chaque individu. Elle permet aussi de distinguer des individus à microbiome enrichi en gènes et à microbiome atrophié.

Ce critère de faible richesse (en gènes et/ou en espèces bactériennes) est typique des sujets à risque qui présentent des paramètres de cholestérolémie, d’insulinorésistance, d’inflammation, associés à un diabète avec un risque élevé de comorbidités. Il est également fortement suggéré que des modifications de la composition du complexe microbien (dysbioses), en densité et en biodiversité, soient associées au développement des maladies allergiques.

Ainsi, une faible diversité du microbiome intestinal a été rapportée chez des enfants qui ont développé une dermatite atopique ou un asthme ; une corrélation a également été observée entre la composition et la diversité du microbiome pulmonaire et le degré d’hyperactivité bronchique chez les asthmatiques.

Le dialogue microbiome-hôte.

Le paradigme naissant est que l’hôte et son écosystème intestinal sont en interaction permanente ; il s’établit une relation symbiotique. Si les grandes pathologies de sociétés modernes sont souvent caractérisées par une perturbation de la composition du microbiome, cette dysbiose correspondrait en réalité à une rupture de symbiose, à une altération du dialogue bénéfique entre les tissus et les microbes. La question qui se pose est de savoir si on peut utiliser la modulation du microbiome comme levier pour aider au traitement des maladies. Ainsi, au cours d’une intervention nutritionnelle, on a observé qu’un régime pauvre en graisses, enrichi en protéines et en fibres, augmentait de 25 % la richesse en gènes du métagénome. Dans ce cas, la stratégie de choix consiste à tenter de reconstituer une écologie intestinale favorable par la microbiothérapie (voir encadré). Par ailleurs, la métagénomie fonctionnelle permet d’étudier, pour ne pas dire écouter, le dialogue microbe-cellule. Ainsi, lorsque le lien microbiome-peau saine/peau avec symptômes est placé sous écoute, il devient possible de déterminer par quels mécanismes les micro-organismes s’adaptent à la composition de chaque muqueuse et de chaque peau. Cette connaissance pourrait déboucher sur des applications thérapeutiques et cosmétiques dans le futur.

Il manque beaucoup d’éléments pour mettre en cause le microbiome comme seul responsable de la dysbiose. Est-ce sa composition particulière qui génère la maladie ou est-ce à cause de l’évolution des modes de vie qu’il change de composition ? À l’instar du patrimoine génétique, qui est notre premier génome, ce second génome fait partie intégrante de nous-mêmes, il faut le respecter comme un élément central de la santé et du bien-être (voir encadré).