La prime qui sera versée aux pharmaciens ayant atteint leurs objectifs de substitution est calculée en fonction de deux seuils de substitution : un seuil bas et un seuil intermédiaire, fixés pour chaque molécule du répertoire générique. Si son taux de substitution est inférieur au seuil bas, le pharmacien ne touche rien. S’il est compris entre les deux seuils, il touche une rémunération en fonction de sa progression. Et s’il est supérieur au seuil intermédiaire, il touche une prime en fonction du niveau d’arrivée.