Le tube digestif est stérile in utero, il est colonisé dès la naissance par contamination maternelle et environnementale jusqu’à atteindre 100 000 milliards de bactéries (avec 500 espèces bactériennes). La flore est propre à chaque individu et se complexifie dans le temps. Elle possède plusieurs fonctions : fonction de protection (effet barrière et résistance à la colonisation), fonction métabolique et nutritionnelle (fabrication de vitamines, métabolisation des stérols), fonction immunitaire (activation du système immunitaire, modulation des réponses immunes).