Les causes des gastro-entérites aiguës (GEA) sont principalement infectieuses avec un pic viral en hiver (entre décembre et février), on parle improprement de grippe intestinale, et un pic bactérien en été, on parle alors d’intoxication alimentaire. Les épisodes hivernaux d'étiologie virale sont plus fréquents mais moins sévères que ceux d’origine bactérienne.