Le traitement prophylactique est destiné à prévenir la récurrence des épisodes dysthymiques. En pratique, une prophylaxie est généralement instaurée dès le premier épisode maniaque caractérisé ; dans les autres cas (épisode hypomaniaque, épisode dépressif), le bénéfice du traitement est évalué selon les antécédents familiaux et le contexte.