L'écosystème intestinal de l'enfant se développe dans les deux à trois premières années de la vie ; il atteindra sa forme stable vers l'âge de trois ans. Il s'organise parfois dès la grossesse et pendant la vie fœtale, des études montrent même que la colonisation de ces bactéries pourrait commencer dès la conception. À la naissance, le tube digestif encore stérile et immature est envahi par de nombreux micro-organismes extérieurs et le processus de colonisation façonne toute l'immunité de l'organisme humain.