Les symptômes de la colopathie fonctionnelle peuvent être corrigés ponctuellement avec des médicaments. Selon les plaintes, il s'agit de laxatifs, de pansements digestifs, d'antispasmodiques ou de ralentisseurs du transit :

Pour soulager la constipation : les laxatifs osmotiques et de lest sont préconisés en première intention. Attention, les laxatifs osmotiques polyols (lactulose, sorbitol, lactitol) exposent à un risque de fermentation, avec accentuation des ballonnements ; certains probiotiques tels PhysioStim Confort Digestif (Immubio)