L’évolution spontanée de l’infection se déroule en quatre grandes phases :

- Stade A : phase aiguë de la primo-infection, le plus souvent méconnue, se manifestant par un syndrome viral aigu dont les manifestations ne sont pas spécifiques (fièvre, asthénie, adénopathies, myalgies, arthralgies, exanthème, dysphagie, diarrhée, ulcérations buccales ou génitales) et disparaissent en quelques semaines. Une lymphopénie CD4 survient rapidement après la contamination.