Les deux grands obstacles à l'efficacité des vaccins antigrippaux sont la variabilité des souches circulantes et les contraintes de fabrication des doses vaccinales. Parce qu'il est impossible d'élaborer un vaccin adapté à l'ensemble des souches connues, et que le choix des souches à inclure dans le vaccin saisonnier doit forcément se faire de façon probabiliste et anticipée, on estime à seulement 50 à 60 % le niveau de protection conféré par le vaccin antigrippal.