Les différentes flores physiologiques des organismes humains ou animaux (ORL, intestinale, cutanée) peuvent renfermer des germes potentiellement pathogènes. Des mécanismes de défense, notamment de compétition entre les bactéries vivant naturellement au sein de ces flores et les germes étrangers, limitent la prolifération de ces derniers. Or la prise abusive d’antibiotiques peut tout dérégler : des germes multirésistants ont alors la possibilité de se développer et devenir dominant au détriment des bactéries présentes habituellement.