La maladie évolue en trois phases symptomatiques que séparent des intervalles asymptomatiques.

Syphilis primaire. Après une incubation moyenne de 3 semaines, l’infection se révèle par un chancre siégeant dans 95 % des cas dans la région génitale (gland, prépuce, verge ; vulve, vagin, col utérin) mais parfois buccal ou anal. S’accompagnant d’une adénopathie satellite non-inflammatoire, cette ulcération nette, indolore, exsudative, cicatrise spontanément en 3 à 5 semaines.