L’humidité et la température buccales représentent des conditions favorables pour le développement bactérien. La flore est constituée de germes à la fois aérobies et anaérobies. Certains germes opportunistes deviennent pathogènes et sont à l’origine de la formation de caries (Streptococcus mutans le plus souvent mais aussi Lactobacillus, Actinomyces…).