Une convention passée entre la FSPF et iSanté prévoit une indemnisation des pharmaciens pour les coûts de télétransmission, qui est fixée à 0,03 € TTC par facture télétransmise. Jusqu’en 2018 inclus, iSanté versait annuellement et automatiquement le montant des indemnités sur le compte du pharmacien, soit directement, soit via l'organisme concentrateur technique (OCT) mandaté par le pharmacien à cet effet. Désormais, le versement des indemnités ne pourra plus être effectué sans facture directement émise par la pharmacie justifiant le montant à régler.