L’évolution de la maladie se fait par poussées qui s’espacent généralement vers l’âge de deux ans, mais les récidives persistent toute la vie, surtout dans un contexte de stress. En cause, une mauvaise cohésion des kératinocytes au niveau de la barrière cutanée qui ne remplit plus son rôle protecteur et laisse passer des allergènes et des agents infectieux responsables de surinfections locales graves. Cette déficience de la barrière est liée à une anomalie du métabolisme des lipides (dont les céramides) et des protéines (dont la fillagrine).