Les souches homéopathiques désignent la matière première utilisée à la base du médicament homéopathique (toujours exprimée en latin).
Elles proviennent des règnes végétal (plante entière, fleur, racine, rhizome, baie, fruit, tige, écorce… : par exemple Aconit, arnica, belladone, thuya…), minéral (sels de mer comme Natrum muriaticum, métaux, substances chimiques) et animal (animaux entiers ou parties d’organes, ou sécrétions : par exemple Apis mellifica, Lachesis mutus…).