Globalement corrélée au degré de l'altération immunitaire, la clinique est liée à l'intensité de la réplication virale appréciée par la charge virale plasmatique et à la déplétion en CD4 : la plupart des manifestations opportunistes surviennent à un stade avancé de la maladie, quand la population des CD4 chute sous 200/mm3. La survenue de symptômes évocateurs justifie la réalisation d’un test de dépistage ; une séropositivité positive constitue une urgence virologique imposant une quantification de la charge virale (ARN-VIH).