L'algorithme de calcul de Nutri-score a souvent été critiqué par les professionnels de la nutrition. Ils lui reprochaient de prendre en compte des critères quantitatifs trop généraux (apport calorique, quantité de sucres, de sel ajouté ou de graisses pour 100 g de produit) sans mettre l'accent sur des critères qualitatifs comme la présence bénéfique de fibres ou la qualité de certains acides gras.