Akkermansia muciniphila a été isolée du microbiote intestinal humain et caractérisée pour la première fois en 2004, au sein du laboratoire du Pr Willem M. de Vos (université de Wageningen, Pays-Bas), cofondateur de The Akkermansia Company. Il s’agit d’une bactérie anaérobie à gram négatif, présente naturellement en quantité relativement importante dans le tube digestif. Elle représente entre 0,5 % et 5 % de l’ensemble des bactéries colonisant l’intestin. Une de ses caractéristiques essentielle est sa capacité à vivre dans le mucus et à l’utiliser.