L’ensemble des systèmes d’automatisation de la PDA, constitués par les logiciels est, par définition, fragmenté : le logiciel de production de l’automate (le planificateur), le logiciel de gestion officinale (LGO), les logiciels de validation et ceux utilisés dans les maisons de retraite. Mais l’offre évolue, l’interfaçage entre ces différents maillons s’améliore et aboutit à une plus grande fluidité de la chaîne, tout en assurant sa sécurisation.