Il existe, à l’état normal (eubiose), un équilibre entre la flore bactérienne intestinale, propre à chaque individu, et le système immunitaire, participant à la barrière intestinale.

Il est actuellement admis qu’il existe chez les patients atteints d’une maladie inflammatoire chronique de l’intestin un déséquilibre du microbiote (dysbiose) favorisant une réaction immunitaire inadaptée. Mais s’agit-il d’une cause ou d’une conséquence ?