Le président de l’Ordre n’est pas élu directement par les pharmaciens, mais par les 33 membres du Conseil national. Vingt-six d’entre eux sont désignés par les Conseils centraux des différentes sections : 8 pharmaciens titulaires d'officine (section A), 4 pharmaciens de l'industrie du médicament (section B), 2 pharmaciens distributeurs en gros de médicaments (section C), 8 pharmaciens salariés en officine ou divers (section D), 1 pharmacien d'outre-mer (section E), 3 pharmaciens biologistes (section G) et 3 pharmaciens hospitaliers (section H).