Il est capital pour le pronostic que le diagnostic et le traitement soient aussi précoces que possible, malheureusement, le diagnostic de la SEP demeure difficile en raison des symptômes divers et diffus et parfois discrets. En l'absence de marqueurs réellement spécifiques, le diagnostic est fondé sur l'examen neuropathologique : dissémination des lésions dans le temps (poussées) et dans l'espace (atteinte neurologique de différentes zones du SNC). Il faut au moins deux poussées pour parler de SEP. Il s'agit plus d'un diagnostic d'élimination que d'un diagnostic positif.