S’il est vrai que le microbiote intestinal est celui qui concentre le plus de recherches, il ne faut pas pour autant négliger le microbiote buccal qui s’organise surtout en biofilms qui adhèrent aux dents, à la langue ou à l’intérieur des joues. À noter que les dents correspondent à la seule surface non desquamante du corps humain, offrant ainsi une occasion unique pour la formation d’un biofilm persistant. Bien que ne représentant que 1 % du contenu bactérien retrouvé dans le côlon, la cavité buccale est concernée par une diversité de plus de 350 espèces de bactéries.