On appelle microbiome le matériel génétique du microbiote. Les sujets atopiques ont un microbiome différent de celui des sujets sains, les zones lésées présentent une plus faible diversité bactérienne que les zones non lésées. Ainsi, il ne suffit pas de restaurer la barrière cutanée pour soulager durablement une peau atopique.