Les infections génitales basses d'origine endogène sont fréquentes chez les femmes ; elles sont causées par un déséquilibre de la flore vaginale. Si elles ne sont pas sexuellement transmissibles, elles gênent fortement la sexualité. Il s'agit principalement de la mycose vaginale, à candida. Contrairement à la chlamydiose, cette infection est quasiment toujours symptomatique, caractérisée par une leucorrhée (pertes blanches), des douleurs lors des rapports sexuels (dyspareunie), des brûlures à la miction et un prurit.