Première et principale activité du groupe Alliance Healthcare, la répartition des produits pharmaceutiques aux pharmacies clientes est confiée en France à Alliance Healthcare Répartition. L'établissement national, situé près d'Orléans, assure la gestion des produits de faible rotation et des produits non référencés. Il est secondé de 48 comptoirs de répartition certifiés ISO 9001 répartis en sept plateformes régionales. En moins de 24 heures, 33 500 références peuvent être mises à disposition des quelque 10 500 officines clientes que compte le répartiteur.