Selon une analyse commanditée par l'Association française des malades de la thyroïde (AFMT), le Lévothyrox nouvelle formule contiendrait moins de substance active qu'annoncé et une molécule non présente sur la liste des composants, à savoir la lévothyroxine de forme dextrogyre D-T4. Le Laboratoire Merck dément ces dernières « révélations infondées scientifiquement ».