La prise en charge thérapeutique de la RCH vise à obtenir une rémission clinique prolongée sans corticoïde et une cicatrisation des lésions à la fois endoscopique et histologique. Elle repose sur différentes lignes de traitement qui associe initialement des traitements conventionnels, topiques ou oraux (5-aminosalicylés, corticoïdes, immunosuppresseurs), puis les traitements biologiques comme les anti-TNF alpha. Or, parmi les patients traités par anti-TNF 2/3 seraient en échec primaire et 30 % en échec secondaire à un an.