Après un baccalauréat latin-grec-philosophie, Alain Mérieux a effectué ses études de pharmacie à Lyon. « J’en avais besoin pour être dirigeant de laboratoire pharmaceutique et succéder à mon père, Charles Mérieux », raconte-t-il. Mais c’est l’univers de l’hôpital qui le fascine. « J’ai fait un internat en 1959 à l’hôpital de la Croix-Rousse à Lyon, au service des maladies infectieuses. J’ai passé une année très intense en terme de connaissances de la vie et de la souffrance.