L’écosystème vaginal comporte 108 à 109 germes par ml qui sont des germes aérobies et anaérobies en équilibre. La flore dominante est le lactobacille (flore de Döderlein) qui est une bactérie saprophyte du vagin. La flore vaginale dépend du taux d’estrogènes, ce qui explique qu’avant la puberté et après la ménopause, on retrouve moins de bacilles de Döderlein.

Elle varie aussi au long d’un cycle : avant et après les règles on retrouve moins d’aérobies.